Шахрухтың өлімінен кейін Шағатай-Тимуридтер тағына оның баласы Ұлықбек отырды. Біраз уақыт Самарқантта әкесінің атынан билік жүргізген Абдуллатиф, Шахрухтың денесін табытқа салып, Қорасанға бет алды. Жолда көптеген қиыншылықтарға тап болса да, Нешапурға жетті. Бұл жерде Мырза Алаудцавланың қазынаны ашып, Мешхедке әскер жібергендігінен хабардар болды. Хераттан келген Алауддавланың адамдары 1447 жылы шабуыл жасап Абдуллатифті тұтқындап, Жауһаршад Ағаны оның қолынан тартып алды. Шахрухтың денесі Жауһаршад медресесіндегі мазаратқа жерленді.

Бұл жағдай Ұлықбектің билігіне қауіп төндірген болатын. Осылайша Алауддавла солтүстікке қарай жылжып, Мургаб өзенінен өтіп, Ұлықбекке қарсы соғысты. Бірақ інісі Абулқасым Бабурдың тарапынан қауіп-қатерге ұшырағаннан соң бітім жасасуға келісім танытты. Абдуллатиф тұтқыннан босатылды. Әкесімен болған келісім ұзаққа созылған жоқ. 1448 жылы Ұлықбек пен баласы Абдуллатйф екеуі бірлесіп, Алауддавлаға қарсы соғысу үшін Хератка бағыт алды. Хератқа кірген Ұлықбек Мешхед қаласын да басып алды. Исферайынға дейін барды. 1448 жылы Хорасанға қайтқан Ұлықбек көтеріліске шыққан өзбектерді жазалағаннан кейін баласы Абдуллатифті Хератта қалдырып, өзі Мауераүннехирге аттанды. Қысты Бұқарада өткізген ол Шахрухтың өлі денесін Самарқанға жіберіп, Темірдің кесенесіне жерледі. 1448 жылы Абдуллатиф халықтың арасында беделі түскен әкесіне карсы көтеріліске шықты. Кіші баласы Абдулазизді Самаркантта қалдырып, Ұлықбек өзі Абдудлатифке карсы жорық ұйымдастырды, баласының көтерілісін басты. Орданың ішінде тыныштық орнатып, Самарқанттағы тәртіпті қайта қалыптастырды. Дегеңмоц,Самарқанның қасындағы Димашықтағы Абдуллатифпен соғысып,жеңіліске ұшырады. Сырдария жағасындағы Шахрухияға кетуге мәжбур болды. Өз қалауы бойынша баласына берілуді дұрыс көріп, Самарқантқа кайтты. Баласы да оның қажылыққа баруына рұқсат берді. Алайда Самарқаннан шыға бере 1449 жылдың қазан айьшда баласы Абдуллатифтің адамы Аббастың тарапынан өлтірілді. Абдуллатиф бұдан кейін інісі Абдулазизді өлтіртіп, Мауераүннехирдің жалғыз билеушісіне айналды. 1450 жылы түсініксіз жағдайлар барысында өлтірілгеи Абдуллатифтің дәуірінде халық пен әскер үшін ауыр кезең болды.

Оны өлтірткен адамдар таққа оның баласы Абдуллахты отырғызды. Абдуллах халық пен әскерге жақсы қарады. Бұхара билеушілері Абу Сайдті зынданнан босатып, Самарқантқа қарсы жорық ұйымдастырды. Нәтижесінде жеңіліс тапты. Дешті Қыпшақта Ұлықбектен жәрдем алған Барақтың Ұлык, Мұхаммедті жеңіліске ұшыратуы, Шир Мұхаммедтің де Вейсхаңды жеңуі, монғолдарды өздеріне қаратуымен қоса өзбек және монғол жерлерінің билігі толығымен Шағатай мемлекетінің билігінің астына өтуін қамтамасыз етті.

Бұдан кейін әкесі Шахрухтан рұқсат алған Ұлықбек моңғолдарға қарсы жаңа жорықтар әзірледі. 1425 жылы Сырдарияны кесіп өтіп Ташкентке келген әскері Ақсудың айналасында болған шайқаста моңғолдарды жеңіп, көп адамды өлтірді. 1426 жылы маусым айында Самаркантқа қайтқан Ұлықбек үлкен құрмет қошеметпен күтіп алынды. Басқа жақтан Ұрыс ханның немересі Барақтың жәрдем сұрауына байланысты Самарканттан өзбек өлкесіне жылжи отырып, Ұлықбектің әскері бастапқы кезде бірнеше жеңіске жетті. Бірақ 1427 жылы Сығынақ айналасында өзбектерге қарсы келе алмай қуғынға ұшырады.

Шағатай Ордасының бұл алғашқы жеңілісі әрі Самарқанттың қоршауға алынуы Мауераүннехир мен Хорасан аймақтарында әр түрлі көтерілістің басталуына себепші болды. 1425 жылы баласы Сүйіргатмыштың өзі Хераттың Ұлы мешітінде пышақталынуы оны алыс сапарға шыға алмайтындай жағдайға түсірді. Шахрух болса, баласына тек қана әскери және ақшалай көмек көрсетуге шамасы жетті. Шахрухтың Әзірбайжан сапарына тоқталатын болсақ, бұрын қарақойлықтардың тарапынан жаулап алынған және өте маңызды жерлер болып есептелінетін Казвин, Сұлтания мен Аджеми Ирак оның қол астына кірді. Бұл Шахрухтың негізгі мақсаттарының бірі болды. 1420 жылы тамыз айында Хераттан шыққан Шахрух қарақойлықтардың жерінде маңызды жеңістерге қол жеткізді. Әзірбайжанды бұрынғы иелеріне тапсырып, жеңімпаз Шағатай билеушісі 1421 жылы қаан айында Хорасанға қайтып орадды. Бірак қарақойлы басшысы Ишере, Тебризді жаулап алғаннан кейін қарақойлықтардың және Ескендірдің 1428 жылы Сұлтанияны қарақойлылардың жеріне қосқанынан кейін Шағатай билеушісі жаңа соғыс әрекетіне салынып, Әзірбайжанға қарсы бір жорыққа шықты.

1429 жылы сәуір айында Хераттан шығып, маусым айында Сұлтанияға жетгі. 1429 жылы қыркүйек айында Селмас жазығындағы соғыста әрі Ескендір әрі інісі Жиханшах та Шахрухтың Ордасына қарсы тұра алмай, Шығыс Анадолыға шегінді. Карабағка қыстап, өзіне сенімін білдірген қарақойлы мырза Абу Сейдке Әзірбайжан аймағының билігін тапсырғаң Шахрух, Хератка қайтты. Нәтижеде Анадолы мен Мысыр жолы шағатайлықтарға ашылды. Бірақ Абу Сейдтің Әзірбайжандағы билігі өте қысқа болды. Себебі ол Ескендірдің інісі тарапынан өлтірілді. Ескендір осылайша Әзірбайжан мен Аджеми Иракта өз билігін нығайта бастады. Ширваншах Халилуллахта аққойлылармен қатынас құрды. Қарақойлыктар болса аққойлықтардың орталығы Амйдті (Диарбақыр) қорщауға алды. Бұл жетістік шағатай билеушісін 3 рет Әзірбайжанға карсы жорық ұйымдастыруға итермеледі. 1434 жылы қараша айында ол Хераттан шығып, 1435 жылы билікті өз қолына алған Абу Сайд Түркістанды қоршауға алып, +басып алды. Оның кезінде дін адамдары басқару істерінде сөз иелеріне айналды. Бұл уақытта Аджеми Иракта өзін өзі билеуші деп жариялаған Сұлтан Махмуд қарақойлықтардың шабуылына ұшырады.

Казвин мен Сұлтанияны жоғалтты. Бауырлары Алауддавламен, Бабырмен ұзақ уакыт тақ үшін күресті. Хорасан билеушісі Бабырдың 1457 жылы қайтыс болуына байланысты қарақойлықтардың билеушісі Жиһаншах, Фарс аймағын басып алды. Рэйге дейін барып, Үргенчті басып алды. Баласы Мұхаммед мырза өз әскери күшіменен Хорасанның батысын басып алды. Енді оның қарсыласы ретінде тек қана Мауераүннехир билеушісі Абу Сайд қалды. 1468 жылы қарақойлық Жиһаншахтың қайтыс болуына байланысты Абу Сайд, Хорасан, Аджеми Ирак, Фарс, Кирман мен Әзірбайжан аумақтарының билеушісіне айналды. Алайда акқойлылардың билеушісі Хасан бек оны Карабағта жеңіліске ұшыратты. Тимуридтердің бұл билеушісін 1469 жылы ақпан айында өлтіртті.