«Ұйғыр» сөзінің «сұңқардың жылдамдығымен шабатын немесе шабуыл жасайтын» деген мағынасы көп жерлерде айтылса да, бұл сөздің көп жағдайларда «одақтас» мағынасымен пара-пар екендігі дау туғызбайды. Азия ғұндарынан шығып төлестердің бір бөлігі болып табылатын ұйғырлар V ғасырдың екінші жартысында табғаштардың дәулеті тұсында Селенга езені аумағында күшті билік құрған болатын. Билеушілерін «Еркін» деп атаған. Көктүрік қағанаты тұсында осы аталған қағанатқа бағынған. Алайда 630 жылы өз күшіне ене бастаған ұйғыр «Еркіні» өз атағын «Илтебер» деп ауыстырды. Қытай императорының қолдауының аркасында 646 жылы өзін «қаған» деп жариялап, өз мемлекетін Көк түріктердің мемлекеттік құрылысына ұқсата құрды. 648 жылы ұйғырлар батыста орналасқан Ташкент маңына дейін ілгерлеп, Қапган қағанның билігінің астындағы көтүріктердің қол астына кірді.

Ұйғырлар – ең көне қытай зерттеулерінде және Орхон жазуларында аты аталған түрік тайпаларының бірі. Ұйғырлардың Азия ғұндарынан шыққаны және V ғасырдың екінші жартысыңда табғаштар заманында (386-534) билік құрғаны көрсетілуде. I. Көктүрік қағандығы кезеңінде осы қалпын сақтаған ұйғырлар, бұл уақытта Селенга өзеннің жағасында өмір сүрген еді. VII ғасырдың бірінші жартысында сир-тардуштардың 6 тайпасынан құрылған бірлігіне қатысты. Бектері «еркін» атағын алған еді. I. Көктүрік қағандығының құлдырауы кезінде пайда болған ұйғыр бектері кейіннен «ил-тебер» және «қаған» атағын алды.

Бірақ, 656 жылдары құлдыраған ұйғыр билігі Капаған қаған бастап көк түріктерге қосылды. 745 жылы көктүрік билігін жеңіп, өткенде бір қағандық құрған ұйғырлар 9 әулеттен тұратын бір бірлік болып, қарлұқ және басмылдарды да өздеріне қосып алғаңдағы саны 11-ге жеткен еді. Орхон жағасындағы Ордабалық астанасын құрған алғашқы ұйғыр қағаны Кұтлық Күл Білге 747 жылы қайтыс болды. Орнына ұлы Мойыншор «қаған» болды. Көрші қағандықтармен соғысып, өзін көрсете білген Мойыншор үкімін Шу, Талас, ішкі Азия мен Керуленге дейін жүргізді, балаларын да тағайындады. Ол Қытайға да әсер етіп, бұл мемлекеттегі қайшылықтарды пайдаланып, 757 жылы мемлекетті империя дәрежесіне жеткізді. 759 жылы Мойыншордың орнына отырған Бөгу Қаған (759-779) да назарын Қытайға аударды және бұл жерде билік құрғысы келді.

Қырғыздарды да жеңген Бөгу қағанды, туысқаны Бага қаған өлтірген еді. Қаған болған Баға Тарқан (779-789) қырғыздарды тағы да женді және Қытай ханшайымына үйленіп, ұйғыр санын Қытайда көбейткісі келді, бірақ қағандар арасындағы тартыстар мемлекетті құлдыратты және қырғыздар 840 жылы ұйғыр жеріне кірді. Қара-балгасұнды басып алып, қағанды өлтірді. Өйткені мемлекеті ыдыраған ұйғырлар да топ-тобымен отандарын тастап, Қытай шекаралары мен ішкі Азия жерлеріне көшті. Қаған әулетінен екі ағалы-інілі адамдар шығып, басқарған бұл көштен кейін ұйғыр тарихының екінші кезеңі басталды. Көш кезінде қаған сайлаған бекзада Ву-хи Тегин (841-846) басқарған ұйғырлар кейде қытайлар тарапынан мазасызданып, ассимиляцияланса, кейде бағымсыз әрекеттер жасады. Ұйғырлардың бір бөлігі болса, V ғасырдағы мекендеріне оралды.

Соңында екі мемлекет құрылды. Кансу аймағына келіп бұл жердің орталығы Кан-цоуға орналасқан ұйғырлар Қытаймен жақсы байланыс жасауға тырысты және үйлену мен достыктарын арттыра түсті. 911 жылы ұйғырлардың батыс бөлігі тәуелсіздікке қол жеткізді. Кан-чоу ұйғырлары мен Тунхунг ұйғырлары құрған бұл мемлекет Кан-чоу ұйғыр мемлекеті деп аталды. Сары ұйғырлар деп те аталатын бұл түрік тайпасы бүгінгі таңда да Батыс Қытайда өмір сүруде. Ішкі Азия мен Батыс жерлерге қарай жылжыған ұйғырлар мемлекетін сол кездерде қиын жағдайдағы Қытай мемлекеті танып, олармен жақсы қатынаста болуға тырысты. 911 жылы егемендік алған Тибет, Шығыс және Батыс Түркістан аймақтарында билік құрған бұл мемлекет «Шығыс Түркістан Ұйғыр мемлекеті» болып тарихта із қалдырды. Бұл мемлекет 1209 жылы Шыңғысхаға бағынып, моңғолдардың билігі астында 1368 жылға дейін болды.